Entre finales del siglo IV y el año 440 d.C., sobre los restos de una suntuosa
domus de la época imperial demolida a nivel de los cimientos, se construyó una gran basílica de tres naves, dedicada al mártir Pedro o a los apóstoles.
El lugar, la cima de la colina identificada con la antigua Fagutale, estaba situado en el límite de la Regio III - Isis y Serapis, donde se sucedían las viviendas de rango desde la época arcaica, en una posición dominante respecto a los valles subyacentes de la Suburra y el Foro.
La basílica se construyó en las fases iniciales del largo proceso de cristianización de la antigua ciudad, en los años que precedieron o siguieron al Saqueo de Alarico en tres décadas.El escenario es el de una ciudad que aún no presentaba signos evidentes de su lenta decadencia.Si la primera basílica data de finales del siglo IV, precede a los últimos
munera gladiatoria celebrados en el cercano Anfiteatro.Las cercanas termas del emperador Trajano en las alturas adyacentes del Oppio siguen en uso y los foros seguirán siendo objeto de intervenciones públicas durante mucho tiempo.
Las excavaciones realizadas en la década de 1950 bajo la basílica sacaron a la luz restos que databan de entre la época arcaica y el siglo IV y documentaron que, al cabo de pocas décadas, bajo el papa Sixto IV o su sucesor León Magno, la iglesia fue reconstruida casi en su totalidad con la disposición estructural que aún existe.
Es posible que desde los primeros tiempos el lugar ya albergara las cadenas que se cree que proceden del encarcelamiento romano de Pedro, actualmente expuestas en un santuario bajo el altar mayor.También en el siglo V la tradición sitúa el milagro de su fusión con las otras que habían encadenado al apóstol en la cárcel de Herodes en Jerusalén.Los protagonistas de los primeros episodios constructivos de la iglesia y de la historia de las reliquias son los miembros de la familia imperial de Bizancio; en particular la hija de Teodosio II, Licinia Eudoxia, de la que derivaría uno de los nombres de la basílica:
titulus Eudoxiae. El nombre aparece por primera vez en la Alta Edad Media junto con el nombre que la basílica no asumirá formalmente hasta el siglo XI,
titulus ad Vinculis, en sustitución de la dedicación oficial de
titulusapostolorum , referida a Pedro y Pablo.
El interior de la basílica, de tres naves delimitadas por antiguas columnas de mármol de Himeto, conserva numerosos testimonios de su larga historia: desde los epígrafes que se remontan a las fases iniciales, hasta el complejo de la cripta del siglo XIX encargada por Pío IX en el presbiterio.Su construcción condujo al descubrimiento del sarcófago del siglo IV conservado bajo el altar, que contiene las reliquias de los siete hermanos Macabeos.
Transformada por las intervenciones renacentistas de Francesco y Giuliano della Rovere, los futuros papas Sixto IV y Julio II, la basílica conserva la tumba y parte del altar del filósofo Niccolò Cusano atribuido al escultor Andrea Bregno y otras figuras importantes de la Roma del primer Renacimiento, como los hermanos Pollaiolo y Giovanni Andrea de Bussi.El mausoleo de Julio II realizado por Miguel Ángel y la famosa estatua de Moisés han sido durante mucho tiempo la principal atracción para los visitantes.En los altares barrocos que se alternan con los lujosos sepulcros del siglo XVII se encuentran importantes obras, como la Lamentación sobre el Cristo muerto atribuida a Pomarancio y santa Margherita de Antioquía de Guercino.
El gran fresco del ábside, pintado por Jacopo Coppi, conocido como Il Meglio, data de finales del Renacimiento, y la bóveda de madera de Francesco Fontana, que contiene en el centro el «milagro de las cadenas» pintado por Giovanni Parodi, data de principios del siglo XVIII.
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